В статье рассматриваются проблемы устранения межрегиональных различий, посредством разработки на государственном уровне научно и экономически обоснованных программ и стратегий развития регионов, основанных на разнообразии факторов, воздействующих на социально-экономическое развитие. Зачастую эти факторы усиливают дифференциацию регионов, что отрицательно сказывается на их социальном и экономическом положении, в связи с этим, проблема сглаживания такой дифференциации является актуальной. Реализуемые в настоящее время федеральные целевые программы не всегда охватывают весь спектр специфических региональных проблем и не способствуют максимально эффективному их решению, так как доступ к федеральным ресурсам у разных регионов достаточно сильно отличается. На основе анализа государственной программы Российской Федерации «Развитие Северо-Кавказского федерального округа на период до 2025 г.» выявлены основные недостатки программного регулирования регионального развития. В связи с этим сформулирован вывод о том, что программы регионального развития, разрабатываемые как базовые стратегические документы должны основываться на принципе «устойчивого развития», суть которого в том, что реальные значения размеров материального роста конкретного региона определяются не столько физическими причинами, сколько экологическими, биологическими факторами, а также факторами культурного, социального и психологического характера. В условиях современных вызовов и угроз задача обеспечения устойчивого роста напрямую связана с задачами обеспечения продовольственной безопасности экономики. Современная аграрная политика должна обеспечить участие государства и бизнеса в программах импортозамещения как на рынке товаров и продуктов, так и на рынке технологий. При этом, российская экономика обладает огромным потенциалом для развития сельскохозяйственных территорий, восстановления, развития действующих и создания новых эффективных бизнес-моделей и жизнеспособных кластерных структур. Забота о качестве жизни будущих поколений, отказ от удовлетворения некоторых текущих нужд и потребностей современного общества ради сохранения экологии, современные энергосберегающие технологии, биорастворимые материалы, нанотехнологии в сфере здравоохранения - это реалии сегодняшнего дня, которые должны обеспечить российской экономике стабильное будущее в долгосрочной перспективе.