Продовольственная безопасность является одной из базовых составляющих национальной системы безопасности страны. Важнейшее значение для решения задач по ее реализации имеет обеспечение независимости от импортного семенного материала, пород животных и кроссов птицы иностранной селекции. Целью исследования является анализ системы отечественной селекции и семеноводства путем декомпозиции ее элементов, выявления их внешних и внутренних взаимосвязей для обоснования приоритетных направлений повышения эффективности функционирования с учетом существующих ресурсных ограничений отечественной агроэкономики и нарастающих внешнеэкономических вызовов. В статье разработана структурно-функциональная схема системы селекции и семеноводства, адаптированная к особенностям российского агропромышленного комплекса. Выявлены и ранжированы по степени значимости факторы, определяющие эффективность ее функционирования и инновационного развития. Выполнен анализ фактической обеспеченности российского сельского хозяйства семенами отечественной селекции и определен перечень сельскохозяйственных культур, по которым следует в первую очередь обеспечивать производителей собственными семенами в ответ на сложившиеся санкционные ограничения. Определены особенности оценки достижения порогового значения продовольственной безопасности по семенам отечественной селекции в стране. Проанализированы уже имеющиеся достижения и перспективы в обеспечении сельскохозяйственных товаропроизводителей семенами отечественной селекции по наиболее проблемным в настоящее время сельскохозяйственным культурам (сахарной свекле, кукурузе, масличным и овощным культурам). Обоснованы приоритетные направления восстановления и развития их селекции и семеноводства. Полученные в ходе исследования результаты сопоставлены с результатами исследований в схожей предметной области, опубликованными в ведущих периодических изданиях. Результаты исследования могут быть использованы при разработке программ по восстановлению и развитию национальной селекции и семеноводства.