В статье раскрыта методика организации использования земель особо охраняемых природных территорий, направленная на сохранение благоприятных условий природного комплекса, где территории разграничивают функциональными зонами и устанавливаются определенные режимы использования земель. Анализ режимов охраны ООПТ исследуемой территории показал, что режимы охраны территории исходят из целевого назначения и задач по сохранению природных компонентов этой территории. Проведенный анализ показал, что особо-охраняемые территории Ишимского района подвержены заболачиванию, где необходимо проводить мероприятия по предотвращению подтопления. Антропогенное негативное воздействие представлено объектами утилизации, которые находятся вблизи границ особо охраняемых природных территорий. Наибольшее количество выбросов вредных веществ происходит от отходов несортированного бытового мусора 4 класса опасности. На основании проведенного анализа разработаны рекомендации по сохранению уникальности и биологического разнообразия особо охраняемых природных территорий, что направлено на создание благоприятных условий для природных комплексов и ландшафтов, существующих на исследуемой территории.